南方医科大学口腔医院，即原来的广东省口腔医院，始建于1962年，是广东省最早建立的口腔医院，也是我国最早建立的五大临床口腔医院之一。2017年1月1日起按照广东省政府要求成建制划转南方医科大学管理，名为南方医科大学口腔医院（广东省口腔医院、广东省牙病防治指导中心、广东省口腔医学研究院）。南方医科大学口腔医院（广东省口腔医院）是华南地区建院历史悠久、总体规模领先、技术力量雄厚，集医疗、教学、科研、预防为一体的区域性最具规模的大型口腔医院。

医院规模逐步扩大，现有六个院区，分别为总院区（院本部）、番禺院区、海珠广场院区、盘福院区、顺德分院、从化分院；一个下属单位广东粤诚牙科技术开发中心。医院主办中国科技核心期刊《口腔疾病防治》。

医院内设33个业务科室、10个管理科室、8个医技科室。在职教职员工1165人，其中高级职称的专业技术人员167人，研究生导师33人，博士109人，硕士221人，留学归国人员21人。现有牙科综合治疗台459张，开放床位数93张。

医院作为广东省牙病防治指导中心，承担指导全省口腔疾病防治规划、实施、培训指导和管理总结等任务。2019年被中国牙防基金会评为“整合资源，健康口腔——多模式口腔疾病防治”最佳管理单位，并被确定为“健康口腔指导中心”。